云南闭壳龟是一级保护动物,由于山林开发过度,自然生态系统变化,加上人们滥捕等原因,对其生存及繁衍带来严重的威胁。野生的云南闭壳龟数量及稀少。
云南闭壳龟自然数量极稀少,仅知有保存于大英博物馆及上海自然博物馆共6号全模标本。1906年依据云南闭壳龟6号标本发表新种后,1946年在昆明西山又报道1号。截至2007年,再未见任何标本报道,被称为“野外灭绝”种。据报道中国国内仅有1-3只标本,保存在有关科研机构。不过,另有报道称,2004年5月发现一只生活的雌性云南闭壳龟,2005年6月云南省吴徽先生又发现一只生活的雄性云南闭壳龟。
据此推断,云南闭壳龟虽然处于濒危灭绝状态,但野外应该尚留有极少数量。在2009年,云南科考时发现了三雌一雄成体,之后在人工养殖下繁育了下一代。由于数量极为稀少,1996年的《中国物种红色名录》评估等级中将其评定为功能性灭绝。在2000年前后,国际上宣布该物种为灭绝物种。
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