鹰嘴龟雄性腹部的甲壳比较长,平坦的胸部中央略微凹陷,尾巴粗,泄殖腔孔离腹甲后部的边缘较远,距尾基大约2.5厘米左右。雌性的胸部中央非常平坦并无凹陷,且身体很宽,肛门离腹部边缘较近,大约在尾基1.5厘米处左右。
无论水龟还是陆龟,从体形上通常可以通过以下性别特征来鉴定其性别:
背甲较短且宽,腹甲平坦中央无凹陷,尾细且短,尾基部细,泄殖孔距腹甲后缘较近,腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅,缺刻角度较大。
背甲较长且窄,腹甲中央略微向内陷,尾粗且长,尾基部粗,泄殖孔距腹甲后缘较远,腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深,缺刻角度较小。
对于大多数种类的同年的成年龟,雄龟体形较薄而小;雌龟体形圆厚且大。
此外对于成熟个体还可以通过下面的方法进行鉴别:将龟的腹甲朝上,左手的大拇指、食指二中指分别将龟的前肢、头压迫缩入壳内,右手将龟的尾摆直,若龟的泄殖腔孔内有黑色的阴茎伸出,则为雄性;若龟的泄殖腔孔排出泡泡或稀粘液,则为雌性。
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