扁山龟可以通过扁平背甲上的6或7块椎盾来辨别(所有其他的淡水龟类有5块椎盾)。有一条较低的不连续的脊棱,扁平的背甲呈橄榄色、浅黄褐色或红棕色,稚龟的背甲呈鲜绿色。头部呈褐色,幼体有2条浅黄色的纵纹。腹甲上有不完全的铰链结构,脚趾上有全蹼。除此之外,成年雄性的尾部显得相对更长更粗,腹甲稍显凹陷。
黑颈乌龟成龟背甲黑色(幼龟背甲略呈棕黑色),呈长方形,中央嵴棱明显。腹甲黑色,每块盾片边缘均有黑色斑块。头部大且宽;吻钝,头部黑色,侧面有黄绿色条纹(幼体头部侧面或颈部为橘红色)。四肢黑色无条纹,指、趾间具蹼。尾黑色且短。雌龟体型较大,尾较短且小,泄殖腔孔距背甲后部边缘较近。雄龟体型较小,尾根部粗且较长且粗,泄殖腔孔距背甲后部边缘较远。
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