日本地龟的身体大致为棕色,头部的颜色稍稍淡于体色,头部的两侧与颈部周围都长有黑色的小斑点。只能看到一条嵴棱,棱突起的地方能够看到一条浅色的黄条纹,有的龟可能没有。背甲后沿为锯齿状。背部还带有发散状的沟渠形成的别致纹络。成年的日本地龟背长大约为13cm~18cm左右。它的身体为灰色偏黄,四肢和尾巴的两边带有菊色和暗橙色的条纹。此龟的身体大于雄龟,但雄龟的尾巴较长。
日本地龟背甲最长可生长至约17厘米,底甲有色彩鲜艳的花纹。背甲板边缘呈锯齿状,背甲呈红褐色,有颜色暗淡的斑纹,背甲和腹甲之间有铰链位;腹甲呈黑色或黑褐色,腹甲边缘的颜色是黄色的。上腭前端的呈尖钩,令它们可以快速方便地捕获猎物和用力咀嚼食物。头部、颈部及四肢也有红棕色的虚线。幼龟孵化后,背甲长度可达3.5~3.6厘米。
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