箱龟属所有种均被列入华盛顿公约附录,在我国等同于国家二级保护动物,卡罗莱纳箱龟列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)——附录Ⅱ;列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN 2010年 ver 3.1)——易危(VU)。
尽管卡罗莱纳箱龟分布广泛,但是由于各种人类会动的威胁,其数量正在不断下降。农业化及都市化破坏了他们的栖息地,经常有卡罗莱纳箱龟被发现碾死在高速公路上,国际宠物贸易也造成了一定影响。同时其生活习性(漫长的生命及低生育率)使得其特别容易受到威胁。卡罗莱纳箱龟已是IUCN红色名录易危物种。
在濒临绝种野生动植物国际贸易公约中,它也被列在附录二中,这意味着“需要管制交易情况以避免影响到其存续的物种”。除此之外,美国的一些州已经控制或禁止了携带这种龟入境。在墨西哥,其情况也不容乐观。
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