斑点龟成年个体重1-2千克,属中型龟类。成体长椭圆形。头大,头部黑色,上有大小不一的黄白色斑点,根据斑点的颜色分为白斑点黑池龟和黄斑点黑池龟2种,吻钝,喙呈流线形。眼大,颈粗,颈部有黄白色小斑点。背甲黑色或棕黑色,布满不规则的黄白色斑点,边缘的斑点多而清晰,背甲有3条突起的脊棱,中间一条尤其明显。
腹甲黑色,布满黄色或白色的不规则斑点。四肢扁圆,灰褐色,布满细小斑点,趾间具蹼,前肢5爪、后肢4爪。尾较短,灰褐色,上有细小斑点。雄龟体型小,腹部凹陷,尾粗长、泄殖孔距腹甲后缘较远;雌龟体型大,腹部平坦,尾细短、泄殖腔孔距腹甲后缘较近。龟壳呈深褐色或黑色,有黄色斑点及斑纹。柔软的部份呈深褐色或黑色,有黄色圆点,在头部及颈部上的斑点最大。
墨西哥麝香龟成体的背甲有三条较为强壮的脊椎骨,将始终伴随它一生。中间的脊椎骨沿着前后五块脊椎盾扩张开来,背甲两侧的侧脊椎骨同样比萨尔闻来的更宽阔,在成体时,这五块脊椎盾的长度大于自身的宽度。第9~11块边缘盾甲高于其他先前的8块。颜色上来说多半为浅棕色,盾甲间有黄色的接缝线。黑色或咖啡色的放射线,其形状类似于熊掌。
腹甲较小,呈十字交叉,并且有着一块可略微上下移动的铰链盖(腹甲前端)。腹甲前端的盾甲比后方的要来得短,这个特征却与萨尔闻相反。腹甲底部后方的盾甲非常的狭窄,犹如箭头指向尾部且末端没有凹槽。腹甲没有喉盾和肋盾,这一特征却与撒耳闻相似,腹盾的长度和宽度相差无几,甲桥较宽,是腹甲长度的25%,颜色上来说跟腹甲是一致的,通常都是浅黄色的。
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